Moğolların başlatmış olduğu istila faaliyetleri tarihin bir dönüm noktası olacaktır. Moğol tahakkümü, Harezmşahlar ve Selçuklu Devleti’nin yıkılmasına sebep olacaktır. Moğollar Anadolu’yu yangın yerine çevirecek, isyanlar ve savaşlar başlatarak ekonomik ve sosyal yapıyı tamamen bozacaklardır. Moğollar deyim yerindeyse taş üstünde taş omuz üstünde baş bırakmayacaklardır.
Bugün olduğu gibi tarih boyunca da Anadolu bir sığınak olarak görülmüştür. Moğol baskısı ve zulmünden kaçan insanlar Anadolu’ya akın akın göç etmişlerdir. Özellikle Harezm Türkleri, Türkiye’nin Güneydoğu bölgesini mesken tutmaya başlayıp çoğu göçebe olan Türkmenler, Türk tarihinin en büyük ve en önemli isyanı olan Babai ya da Baba Resul ayaklanmasını başlatacaklardır. Bu sırada Selçuklular en güçlü hükümdarı Alâeddin Keykubad’ı kaybetmiş ve tahta II.Gıyaseddin Keyhüsrev geçmitir. Kendisinin kötü yönetimi, tedbirsizlikleri ve liyakat sahibi olmayan kimselere devlet yönetiminde yer vermesi merkezi otoriteyi zayıflatacak ve akabinde isyanlar ve yıkılış kaçınılmaz bir son olacaktır.