Moğolların başlatmış olduğu istila faaliyetleri tarihin bir dönüm noktası olacaktır. Moğol tahakkümü, Harezmşahlar ve Selçuklu Devleti’nin yıkılmasına sebep olacaktır. Moğollar Anadolu’yu yangın yerine çevirecek, isyanlar ve savaşlar başlatarak ekonomik ve sosyal yapıyı tamamen bozacaklardır. Moğollar deyim yerindeyse taş üstünde taş omuz üstünde baş bırakmayacaklardır.

  Bugün olduğu gibi tarih boyunca da Anadolu bir sığınak olarak görülmüştür. Moğol baskısı ve zulmünden kaçan insanlar Anadolu’ya akın akın göç etmişlerdir. Özellikle Harezm Türkleri, Türkiye’nin Güneydoğu bölgesini mesken tutmaya başlayıp çoğu göçebe olan Türkmenler, Türk tarihinin en büyük ve en önemli isyanı olan Babai ya da Baba Resul ayaklanmasını başlatacaklardır. Bu sırada Selçuklular en güçlü hükümdarı Alâeddin Keykubad’ı kaybetmiş ve tahta II.Gıyaseddin Keyhüsrev geçmitir. Kendisinin kötü yönetimi, tedbirsizlikleri ve liyakat sahibi olmayan kimselere devlet yönetiminde yer vermesi merkezi otoriteyi zayıflatacak ve akabinde isyanlar ve yıkılış kaçınılmaz bir son olacaktır.

 Savaştan kaçan ve güneydoğu bölgesinde kümelenen Türkmen grupları, içtimaı ve ekonomik problemler yaşamaya başlayacaktır. Devletin kendilerine sahip çıkmaması, sosyo-psikolojik yönden buhran geçiren Türkmenleri bir kurtarıcı bulmaya zorlayacaktır. Bu kurtarıcı Şeyh Ebû’l-Beka Baba İlyas-ı Horasâni ya da kısaca Baba İlyas olacaktır.

 Baba İlyas’ın Anadolu’ya gelmeden önceki hayatı hakkında hiçbir şey bilinmemektedir. Elvan Çelebi’nin Menakıbü’ Kudsiye adındaki eserine göre Anadolu’ya geldikten sonra Amasya yakınlarında bulunan bugün İlyas Köyü adıyla bilinen Çat köyüne yerleşmiş, bir zaviye açarak Vefaiyye tarikatını yaymaya başlamış ve etrafına bir çok mürit toplamıştır.

 Baba İlyas’ın etrafında toplanan Türkmenler güneydoğu bölgesinde bugünkü Adıyaman yakınlarında isyan etmeye başlayacaklar ve Maraş, Elbistan, Gerger, Urfa, Tokat ve Amasya’ya kadar yayılan isyan, devlet tarafından ilk başta basit bir isyan olarak telakki edilse de daha sonra ciddi bir isyan olduğu anlaşılacaktır. Devlet, isyanı bastırmada yetersiz kalacaktır. Başlangıçta güneydoğu bölgesinde baş gösteren isyan giderek büyüyecek ve önü alınmaz bir hal alacaktır. Türkmenlerin topyekûn başlatmış olduğu bu isyan devlete onulmaz zararlar verecektir.  Türkmenler isyanın başını çeken şeyh olan Baba İlyas’ı peygamber makamına kadar çıkartıp kendisine kutsiyet atfettikleri için isyanı bastırmaya giden Selçuklu askerleri bile manevi anlamda büyük saygı gösterdikleri Baba İlyas’ı öldürmekten çekinecekler ve bu durum isyanın uzamasına sebep olacaktır.

 Selçuklu Devleti, paralı Frenk askerlerini kullanarak ilk etapta isyanın gücünü zayıflatmış, nihayetinde Amasya Kalesine sığınan Baba İlyas’ın öldürülmesi ile isyan bir süre daha devam etse de bastırılmıştır.

 Bu İsyana kadar Moğollar, Selçuklulardan tam manasıyla çekinmekteydi. Bundan dolayı Selçuklulardan uzak durmaya çalışmışlardır. Fakat Babailer İsyanının güçlükle bastırılması, aynı zamanda II.Gıyaseddin Keyhüsrev’in kötü yönetimi Moğollara cesaret vermiştir. Akabinde Moğollar, Selçukluları itaat altına almak için Baycu Noyan komutasındaki ordusunu Anadolu’ya göndererek; tarih 3 Temmuz 1243’ü gösterdiğinde iki taraf bugünkü Sivas yakınlarında Kösedağ mevkiinde karşı karşıya gelmişler ve Selçuklular büyük bir mağlubiyet almışlardır. Bu tarih Selçuklular için sonun başlangıcı olacaktır.

 Nihayetinde Babailer İsyanı ile başlayan Selçuklu yıkılışı, Moğolların Anadolu’yu yangın yerine çevirmesi ile sonuçlanmıştır. Yangın yerine dönen Anadolu’da çok güçlü ve altı asırdan fazla dünyaya nizam verecek olan Osmanlı Devleti’nin kurulması için ilk adımlar atılacaktır. Osmanlı Devleti’nin manevi kurucusu olan Şeyh Edebali’nin de tıpkı Baba İlyas gibi Vefaiyye tarikatının öncülerinden olması çok ilginçtir. Baba İlyas’ın, isyanı ile devlete başkaldırıp yıkılmasına sebep olmasına mukabil Şeyh Edebali’nin üç kıtada hüküm süren bir devletin manevi kurucusu olması her şerrin bir hayra dönüşmesinin tecelli ettiğini göstermektedir.