Aydınoğullarına mensup olduğu tahmin edilmektedir. Babasının Aydın Bey’i Mehmed’in oğlu Bademya Emiri Bahadır İbrahim Bey ile aynı kişi olup olmadığı tartışmalıdır. Tarih sahnesine çıkışı Timur’un Anadolu’yu terk etmesiyle başlar.
Timur, Ankara Savaşından sonra Aydın’ı İsa Bey’in oğulları Musa ile II. Umur Bey’e verince Cüneyd ve İzmir subaşısı olarak bilinen kardeşi Kara Hasan hak iddiasıyla harekete geçip İzmir ve Ayasuluk’a hakim oldular.
Süleyman Çelebi ile iyi ilişkiler kurmuş ve kendisine bağlılığını bildirmiştir.
Batı Anadolu’da kardeşi Süleyman’ın nüfuzunu kırmak isteyen Çelebi Mehmed, Cüneyd’e karşı İlyas ve Umur beyleri destekledi. Süleyman Çelebi ise Cüneyd’i korumak için 1405 yazında Ayasuluk’a karşı harekete geçmeye hazırlandı. Ancak kardeşini kurtarmayı başaran Cüneyd, Ayasuluk üzerine yürüyerek Umur’u burada sıkıştırdı. Dukas’a göre Umur Bey ile Cüneyd Bey anlaştı. 1405-1406 kışında Umur Bey’in ani ölümü üzerine de Aydın Beyliği’ne hakim oldu ve kendi adına sikkeler bastırdı.
Cüneyd Bey’in istiklalini ilan etmesiyle Süleyman Çelebi ile araları açılmıştır. Hatta Cüneyd, ona karşı Germiyan ve Karaman beyleriyle anlaşma yaptı. Fakat müttefikleri tarafından terk edilmiş ve Süleyman Çelebi’ye biat etmiştir. Süleyman Çelebi tarafından Ohri’ye sürülmüş fakat karışıklıklardan faydalanarak memleketine geri dönmüştür.
Bu sırada Çelebi Mehmed ise kardeşi Musa Çelebi’yi ortadan kaldırmış ve Cüneyd Bey’in üzerine yürümüş ve İzmir’i almıştır. 1414-1415 yılları arası ise Çelebi Mehmed, Cüneyd Bey’i itaati altına almış ve kendisini Niğbolu Sancağına sancakbeyi olarak atamıştır. Cüneyd, burada da boş durmamış ve 1419 yılında Eflak’ta ortaya çıkan Düzmece Mustafa hadisesine karışmıştır.
Çelebi Mehmed’in vefatından sonra, Bizans İmparatoru tarafından II. Murad’a karşı taht iddiacısı olan Düzmece Mustafa ile harekete geçen Cüneyd Bey, II. Murad’ın yeniden eski beyliğine getirileceği yolundaki vaadler üzerine Mustafa’dan ayrıldı ve İzmir’e döndü.
Ardından Ayasuluk’u ele geçirip Aydınoğlu Mustafa Bey’i öldürdükten sonra etrafına müttefikler toplamış, Aydın-ili’ne hakim olması, Venedik ile münasebet kurmaya çalışması II. Murad’ı oldukça endişelendirdi. Bu durum karşısında Anadolu Beylerbeyi Hamza Bey kumandasındaki bir kuvveti Cüneyd’in üzerine gönderdi.
1426 yılında teslim olmak zorunda kaldı ve bir süre sonra bütün soyu ile birlikte yok edildi.
